善玉菌は、体に有益な影響を与える細菌のことを指します。これらの細菌は消化を助け、栄養素の吸収を促進し、免疫機能をサポートします。乳酸菌（Lactobacillus属）やビフィズス菌（Bifidobacterium属）などがあります。悪玉菌は、体に有害な影響を与える可能性のある細菌のことを指します。これらの細菌は腐敗産物を生成し、腸内環境を悪化させることがあります。代表的には、ウェルシュ菌（Clostridium perfringens）、病原性大腸菌（Escherichia coliの一部）などがあります。それ以外に中間菌と呼ばれる細菌も存在します。これらの菌は、腸内環境の状態に応じて有益にも有害にもなり得ます。大腸菌（非病原性）やバクテロイデス（Bacteroides属）などがあります。
善玉菌はプレバイオティクスと呼ばれる非消化性の食物成分をエサとして利用します。プレバイオティクスは消化されずに腸に到達し発酵される過程で、有益な短鎖脂肪酸（酢酸、プロピオン酸、酪酸など）が生成されます。主なプレバイオティクスを含む食品には、全粒粉穀物、豆類などがあります。
悪玉菌は、主にタンパク質や脂質を代謝して有害物質を生成します。
食事がタンパク質や脂質に偏れば、悪玉菌を増やす環境になり、非消化性の食物成分である全粒粉穀物、豆類などのプレバイオティクス摂取が増えれば、善玉菌を増やす環境になると考えられます。
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